Από τις αρχές Ιανουαρίου του 2003 έως τα τέλη Μαΐου 2004, δηλαδή για 17 μήνες, ο επιθεωρητής εργασίας του υπουργείου Εργασίας και Απασχόλησης Α. Οικονομάκης, έκανε έλεγχο στη διαχείριση του Ταμείου Πρόνοιας Ορθόδοξου Εφημεριακού Κλήρου Ελλάδος (ΤΠΟΕΚΕ) πρώην ΤΑΚΕ. Η έρευνα αφορούσε κυρίως ακίνητα ιδιοκτησίας του Ταμείου και επεκτάθηκε και σε χειρισμούς του δικηγόρου του ταμείου Ε. Μπίκα και του προέδρου του ταμείου, αρχιεπισκόπου Χριστόδουλου. Το πόρισμα των ερευνών παραδόθηκε στον υπουργό Εργασίας Παναγιωτόπουλο. Ο συντάκτης του πορίσματος επικαλούμενος τα “πολύ σοβαρά θέματα που προέκυψαν” για την ακίνητη περιουσία του Ταμείου προτείνει: “α) να σταλεί η παρούσα έκθεσις στη Δικαιοσύνη για τις δικές της ενέργειες και β) η επιβαλλόμενη λύσις να είναι άμεση και οριστική” (Ελευθεροτυπία, 27-9-04).
Ειδικά για τον πρόεδρο του ταμείου, δηλαδή το Χριστόδουλο, μετά την έρευνα που έκανε σχετικά με τον Άγιο Νικόλαο Ρηγίλλης ο επιθεωρητής προτείνει: “Την τοποθέτηση νέου, ιδιώτη προέδρου του διοικητικού συμβουλίου-Την άσκηση ποινικής δίωξης κατά παντός υπευθύνου-Και την άμεση επαναφορά περιουσιακού στοιχείου του Ταμείου (σ.σ.: εννοεί το ξωκλήσι του Αγίου Νικολάου Ρηγίλλης) στο φυσιολογικό του κύριο μαζί με τα διαφυγόντα - απολεσθέντα έσοδα” (στο ίδιο).
Οι παρεμβάσεις του Χριστόδουλου και η συμπεριφορά του προς το ταμείο σχολιάζονται στο παραπάνω πόρισμα: “Προφανώς διαφεύγει των υπηρεσιών της Ι. Αρχιεπισκοπής το γεγονός ότι ο αρχιεπίσκοπος Αθηνών είναι πρόεδρος του Δ.Σ. του Ταμείου και όχι διοικητής του…Κρίνεται αναγκαίο να αναφερθεί και ένα ακόμη θέμα… Το θέμα αυτό αναφέρεται στην πολυποίκιλη παρέμβαση της Ιεράς Αρχιεπισκοπής Αθηνών στη λειτουργία του Ταμείου με την αιτιολογία ότι το Ταμείο αποτελεί εκκλησιαστικό οργανισμό. Επί της ουσίας δε της διαπιστώσεώς μας σημειώνουμε ότι σωρεία εγγράφων έχουν υποπέσει στην αντίληψή μας, κατά την παραμονή μας στο Ταμείο, με τα οποία η Ιερά Αρχιεπισκοπή εντέλλεται τις υπηρεσίες για διάφορα θέματα ή και αλληλογραφεί με το υπουργείο Εργασίας και Κοινωνικών Ασφαλίσεων για θέματα του Ταμείου” (στο ίδιο).
Το έκανε τσιφλίκι του επί το κοινώς λεγόμενον ο κ. Χριστόδουλος.
Σε ΤΠΟΕΚΕ μετονομάστηκε το ΤΑΚΕ με τον ασφαλιστικό νόμο του 1992 ο οποίος όριζε ότι η συνταξιοδότηση των παπάδων θα γίνονταν από το κράτος, όπως και η μισθοδοσία τους που είχε θεσπιστεί επί χούντας, και σε αντάλλαγμα θα δίνονταν η περιουσία του, κινητή και ακίνητη σε αυτό. Υπάρχει μάλιστα και σχετική γνωμοδότηση του Νομικού Συμβουλίου του Κράτους (αρ. γνωμοδότησης 210/22-04-1994).
Το Μάιο του 1999, ο Χριστόδουλος με έγγραφό του και χωρίς να ζητήσει τη γνώμη των άλλων μελών του ΔΣ του ΤΠΟΕΚΕ έδωσε τη δική του ερμηνεία στο θέμα της περιουσίας. Απευθυνόμενος στον τότε υφυπουργό Εργασίας και Κοινωνικών Ασφαλίσεων Φ. Ιωαννίδη, υποστήριζε ότι το υπουργείο Οικονομικών έκανε ερμηνευτική εγκύκλιο το Νοέμβριο του 1992, για το περιουσιακό του Ταμείου των κληρικών. Μάλιστα έβαλε κι ένα απόσπασμα της ερμηνευτικής εγκυκλίου χωρίς να παρουσιάσει την ουσία της. Έγραφε ότι η εγκύκλιος προέβλεπε μια συμφωνία. Δηλαδή το Ταμείο ήταν υποχρεωμένο να αποδίδει στο Δημόσιο τα 2/3 από τα ενοίκια που προέρχονταν από τα ακίνητα που δεν δόθηκαν στην πολιτεία. Όμως ο Χριστόδουλος δεν ανέφερε ότι η ερμηνευτική εγκύκλιος ήταν μια προσωρινή λύση μέχρι την οριστική απόφαση που ήδη είχε δώσει το Νομικό Συμβούλιο του Κράτους το 1994. Προφανώς η Αρχιεπισκοπή ορεγόταν τα αρκετά ακίνητα του ταμείου.
Το καλοκαίρι του 2002 με πρόταση του Χριστόδουλου η Διαρκής Ιερά Σύνοδος, που ελέγχεται από αυτόν, άλλαξε τον κανονισμό “περί Οργανισμού Διοικήσεως και Λειτουργίας” του Ταμείου των Κληρικών, που είχε φτιάξει η ίδια το 1994 και ανάμεσα στ' άλλα αποφάσισε τη σύσταση θέσης γενικού διευθυντή. Το Σεπτέμβριο με νέα πρόταση που έκανε ο Χριστόδουλος στη Σύνοδο, τοποθετήθηκε γενικός διευθυντής ο αρχιμανδρίτης Αχίλλιος Σιώκας για να μπορεί αυτός να ελέγχει πλήρως, μαζί και με το δικηγόρο Μπίκα, το ταμείο. Ο διορισμός αυτός δημοσιεύτηκε στην Εφημερίδα της Κυβέρνησης, και ένας κληρικός ανέλαβε με απόφαση της Συνόδου γενικός διευθυντής ενός Ταμείου του Δημοσίου που είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου!
Σύμφωνα με δημοσίευμα της Ελευθεροτυπίας στις 4-1-03, κληρικοί-μέλη του Ιερού Συνδέσμου Κληρικών Ελλάδος (ΙΣΚΕ) απευθύνθηκαν στο Νομικό Συμβούλιο του Κράτους θέτοντας το ερώτημα: Το Ταμείο των Κληρικών είναι Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου υπό την εποπτεία του υπουργείου Εργασίας, όπως λέει ο νόμος, ή της Αρχιεπισκοπής που το πήρε επί της ουσίας υπό τον έλεγχό της; Ο πρώην πρόεδρος του ΙΣΚΕ, παπάς Ε. Κολλάς, είχε καταγγείλει τον Χριστόδουλο για προσπάθεια υφαρπαγής του Ταμείου και ένταξής του με έμμεσο τρόπο στην Αρχιεπισκοπή. Το ΤΠΟΕΚΕ διαθέτει ακίνητη περιουσία στην Αθήνα και τον Πειραιά, ακόμη και νυχτερινά κέντρα, όπως το γνωστό παραλιακό νυχτερινό κέντρο “Ακρωτήρι”. Ο ΙΣΚΕ είχε εκφράσει από νωρίς την ανησυχία του και ήδη από το Νοέμβριο του 1999 είχε κάνει λόγο για “αυθαιρεσίες του αρχιεπισκόπου Αθηνών και πάσης Ελλάδος κ. Χριστόδουλου εις βάρος της περιουσίας του εφημεριακού κλήρου”. Ακολούθησαν επιστολές του τότε προέδρου του ΙΣΚΕ Κολλά στο υπουργείο Εργασίας, χωρίς να δοθεί απάντηση. Οι επιστολές αυτές που υποτίθεται ήταν απόρρητες, δηλαδή απευθύνονταν στον υπουργό και μόνο, έφτασαν στα χέρια του Χριστόδουλου, με αποτέλεσμα να οδηγηθεί στα εκκλησιαστικά δικαστήρια ο Κολλάς κατηγορούμενος για “συκοφαντική δυσφήμηση”. Και αυτό γιατί ο παπάς ζητούσε επίμονα τη σύγκληση του ΔΣ και έκανε σκληρή κριτική στον Χριστόδουλο.
Ο υπουργός Απασχόλησης Παναγιωτόπουλος όταν πήρε την παραπάνω έκθεση αντί να τη στείλει στον εισαγγελέα, όπως όφειλε, με έγγραφό του την 1-9-04 προς τη Διεύθυνση Επιθεώρησης του υπουργείου ζητεί νέο έλεγχο!
Παρά τη στάση του Παναγιωτόπουλου ο προϊστάμενος της Εισαγγελίας Πρωτοδικών Αθηνών, Παπαγγελόπουλος, ανέθεσε την έρευνα στην εισαγγελέα Πρωτοδικών Οικονόμου.